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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Semiárido; Embrapa Soja. |
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Data corrente: |
13/09/2023 |
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Data da última atualização: |
17/01/2024 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
FERREIRA-NETO. J. R. C.; SILVA, M. D. da; BINNECK, E.; MELO, N. F. de; SILVA, R. G. da; MELO, A. L. T. M. de; PANDOLFI, V.; BUSTAMANTE, F. de O.; VIDAL, A. C. B.; BENKO-ISEPPON, A. M. |
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Afiliação: |
JOSÉ RIBAMAR COSTA FERREIRA-NETO, UFPE; MANASSÉS DANIEL DA SILVA, UFPE; ELISEU BINNECK, CNPSO; NATONIEL FRANKLIN DE MELO, CPATSA; RAHISA HELENA DA SILVA; ANA LUIZA TRAJANO MANGUEIRA DE MELO, UFPE; VALESCA PANDOLFI, UFPE; FERNANDA DE OLIVEIRA BUSTAMANTE, UFPE; ANA CHRISTINA BRASILEIRO-VIDAL, UFPE; ANA MARIA BENKO-ISEPPON, UFPE. |
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Título: |
Bridging the gap: combining genomics and transcriptomics approaches to understand Stylosanthes scabra, an orphan legume from the Brazilian Caatinga. |
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Ano de publicação: |
2023 |
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Fonte/Imprenta: |
Plants, v. 12, 3246, 2023. |
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Páginas: |
23 p. |
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DOI: |
10.3390/plants12183246 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Stylosanthes scabra is a scientifically orphaned legume found in the Brazilian Caatinga biome (a semi-arid environment). This work utilized omics approaches to investigate some ecophysiological aspects of stress tolerance/resistance in S. scabra, study its genomic landscape, and predict potential metabolic pathways. Considering its high-confidence conceptual proteome, 1694 (~2.6%) proteins were associated with resistance proteins, some of which were found in soybean QTL regions that confer resistance to Asian soybean rust. S. scabra was also found to be a potential source of terpenes, as biosynthetic gene clusters associated with terpene biosynthesis were identified in its genome. The analysis revealed that mobile elements comprised approximately 59% of the sequenced genome. In the remaining 41% of the sections, some of the 22,681 protein-coding gene families were categorized into two informational groups: those that were specific to S. scabra and those that expanded significantly compared to their immediate ancestor. Biological process enrichment analyses indicated that hese gene families play fundamental roles in the adaptation of S. scabra to extreme environments. Additionally, phylogenomic analysis indicated a close evolutionary relationship between the genera Stylosanthes and Arachis. Finally, this study found a high number (57) of aquaporin-encoding loci in the S. scabra genome. RNA-Seq and qPCR data suggested that the PIP subfamily may play a key role in the species? adaptation to water deficit conditions. Overall, these results provide valuable insights into S. scabra biology and a wealth of gene/transcript information for future legume omics studies. MenosStylosanthes scabra is a scientifically orphaned legume found in the Brazilian Caatinga biome (a semi-arid environment). This work utilized omics approaches to investigate some ecophysiological aspects of stress tolerance/resistance in S. scabra, study its genomic landscape, and predict potential metabolic pathways. Considering its high-confidence conceptual proteome, 1694 (~2.6%) proteins were associated with resistance proteins, some of which were found in soybean QTL regions that confer resistance to Asian soybean rust. S. scabra was also found to be a potential source of terpenes, as biosynthetic gene clusters associated with terpene biosynthesis were identified in its genome. The analysis revealed that mobile elements comprised approximately 59% of the sequenced genome. In the remaining 41% of the sections, some of the 22,681 protein-coding gene families were categorized into two informational groups: those that were specific to S. scabra and those that expanded significantly compared to their immediate ancestor. Biological process enrichment analyses indicated that hese gene families play fundamental roles in the adaptation of S. scabra to extreme environments. Additionally, phylogenomic analysis indicated a close evolutionary relationship between the genera Stylosanthes and Arachis. Finally, this study found a high number (57) of aquaporin-encoding loci in the S. scabra genome. RNA-Seq and qPCR data suggested that the PIP subfamily may play a key role in the species? ... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Aquaporinas; Bioma Caatinga; Elementos móveis; Genoma nuclear; PRR-genes; R-genes. |
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Thesagro: |
Leguminosa; Stylosanthes Scabra. |
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Thesaurus Nal: |
Aquaporins; Drought; Nuclear genome. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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Marc: |
LEADER 02798naa a2200385 a 4500
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005 2024-01-17
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520 $aStylosanthes scabra is a scientifically orphaned legume found in the Brazilian Caatinga biome (a semi-arid environment). This work utilized omics approaches to investigate some ecophysiological aspects of stress tolerance/resistance in S. scabra, study its genomic landscape, and predict potential metabolic pathways. Considering its high-confidence conceptual proteome, 1694 (~2.6%) proteins were associated with resistance proteins, some of which were found in soybean QTL regions that confer resistance to Asian soybean rust. S. scabra was also found to be a potential source of terpenes, as biosynthetic gene clusters associated with terpene biosynthesis were identified in its genome. The analysis revealed that mobile elements comprised approximately 59% of the sequenced genome. In the remaining 41% of the sections, some of the 22,681 protein-coding gene families were categorized into two informational groups: those that were specific to S. scabra and those that expanded significantly compared to their immediate ancestor. Biological process enrichment analyses indicated that hese gene families play fundamental roles in the adaptation of S. scabra to extreme environments. Additionally, phylogenomic analysis indicated a close evolutionary relationship between the genera Stylosanthes and Arachis. Finally, this study found a high number (57) of aquaporin-encoding loci in the S. scabra genome. RNA-Seq and qPCR data suggested that the PIP subfamily may play a key role in the species? adaptation to water deficit conditions. Overall, these results provide valuable insights into S. scabra biology and a wealth of gene/transcript information for future legume omics studies.
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Registro original: |
Embrapa Soja (CNPSO) |
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Biblioteca |
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| Registros recuperados : 63 | |
| 1. |  | CARMO, F. B. DO; GUIMARAES, A. S.; PAULETTI, R. B.; LAGE, A. P.; GONÇALVES, V. S. P.; MEYER, R.; PORTELA, R. W. B.; MIYOSHI, A.; AZEVEDO, V.; GOUVEIA, A. M. G.; HEINEMANN, M. B. Prevalência de anticorpos contra a linfadenite caseosa em criações comerciais de ovinos no Distrito Federal, Brasil. Arquivos do Instituto Biológico, v. 79, n. 2, p. 293-298, 2012.| Tipo: Nota Técnica/Nota Científica |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 2. | | CARRA, M. L.; SAMPAIO, F. G.; GONÇALVES, V. T.; DAL'BÓ, G. A.; LOSEKANN, M. E.; BORGHESI, R.; SUCASSAS, L. F.; OETTERER, M. Antioxidant defenses and hematological changes in pacu (Piaractus mesopotamicus ) in response to different lipid sources. In: SIMPÓSIO INTERNACIONAL DE NUTRIÇÃO E SAÚDE DE PEIXES, 5., 2013, Botucatu. [Trabalhos apresentados...]. Botucatu: FMZ : UNESP, 2013.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pantanal. |
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| 3. | | CARRA, M. L.; SAMPAIO, F. G.; GONÇALVES, V. T.; DAL'BÓ, G. A.; LOSEKANN, M. E.; BORGHESI, R.; SUCASSAS, L. F.; OETTERER, M. Antioxidant defenses and hematological changes in pacu (Piaractus mesopotamicus ) in response to different lipid sources. In: SIMPÓSIO INTERNACIONAL DE NUTRIÇÃO E SAÚDE DE PEIXES, 5., 2013, Botucatu. [Trabalhos apresentados...]. Botucatu: FMZ : UNESP, 2013.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio Ambiente. |
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| 4. | | CARRA, M. L.; SAMPAIO, F. G.; JONSSON, C. M.; ALVES, E.; GONÇALVES, V. T.; CHALUPE, V. C. Metabolismo oxidativo e parâmetros hematológicos do pacu (Piaractus mesopotamicus) exposto a sulfametazina. In: CONGRESSO DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE AQUICULTURA E BIOLOGIA AQUÁTICA, 6., 2014, Foz do Iguaçu. Anais... Foz do Iguaçu: Sociedade Brasileira de Aquicultura e Biologia Aquática, 2014.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio Ambiente. |
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| 5. | | CARRA, M. L.; SAMPAIO, F. G.; JONSSON, C. M.; GONÇALVES, V. T.; DAL’BÓ, G. A.; NUNES, K. S. D.; REYES, F. G. R. Efeitos da administração oral de sulfametazina na hematologia e na defesa antioxidante da tilápia do Nilo (Oreochromis niloticus). In: CONGRESSO DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE AQUICULTURA E BIOLOGIA AQUÁTICA, 6., 2014, Foz do Iguaçu. Anais... Foz do Iguaçu: Sociedade Brasileira de Aquicultura e Biologia Aquática, 2014.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio Ambiente. |
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| 6. | | CARRA, M. L.; THOMAZ, J. M.; SAMPAIO, F. G.; DAMACENA, K.; REYES, F. G. R.; VALLIM, J. H.; JONSSON, C. M.; DAL'BÓ, G. A.; SANTANA, F.; GONÇALVES, V. T. Efeito da administração de sulfonamidas na hematologia de tilápia do nilo (Oreochromis niloticus). In: CONGRESSO NACIONAL DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 13., 2013, Campinas. Anais... Campinas: Sindicato das Entidades Mantenedoras de Ensino Superior (Semesp), 2013. 10 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio Ambiente. |
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| 7. | | CARVALHO, G. dE; FERREIRA, M. J.; GONÇALVES, V. da S.; CAMARGO, D.; GREGOLIN, F. S.; BEHLING, M. Determinação do indice de área foliar da soja em sistema ilpf pelo método direto e indireto. In: JORNADA CIENTÍFICA DA EMBRAPA AGROSSILVIPASTORIL, 5., 2016, Sinop. Anais. Sinop, MT: Embrapa, 2017. p. 29-33.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrossilvipastoril. |
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| 8. | | CARVALHO, G. de; FERREIRA, M. J.; GONÇALVES, V. da S.; CAMARGO, D.; GREGOLIN, F. S.; BEHLING, M. Produtividade da soja em sistemas integrado de produção e exclusivo. In: JORNADA CIENTÍFICA DA EMBRAPA AGROSSILVIPASTORIL, 5., 2016, Sinop. Anais. Sinop, MT: Embrapa, 2017. p. 34-38.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrossilvipastoril. |
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| 9. | | CORGUINHA, A. P. B.; GONÇALVES, V. C.; SOUZA, G. A.; PINHO, P. J.; PIERANGELI, M. A. P.; MARCHI, G.; FRANCISCO, E. A.; KAPPES, C.; GUILHERME, L. R. G. Plant uptake factors of As, Cd, and Pb for corn and soybeans cultivated in Brazilian agricultural areas under high-P fertilization. In: BMC Genomics, v. 14, n. 1, Jan. 2012.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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| 10. | | DAL'BÓ, G. A.; SAMPAIO, F. G.; LOSEKANN, M. E.; QUEIROZ, J. F. de; LUIZ, A. J. B.; WOLF, V. H. G.; GONÇALVES, V. T.; CARRA, M. L. Hematological and morphometric blood value of four cultured species of economically important tropical foodfish. Neotropical Ichthyology, Maringá, v. 13, n. 2, p. 439-446, 2015.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio Ambiente. |
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| 11. | | DAL’BÓ, G. A.; SAMPAIO, F. G.; WOLF, V. H. G.; QUEIROZ, J. F. de; LOSEKANN, M. E.; LUIZ, A. J. B.; GONÇALVES, V. T.; CARRA, M. L. Hematology and blood morphometric partern of four tropical fish species with economical importance. In: SIMPÓSIO INTERNACIONAL DE NUTRIÇÃO E SAÚDE DE PEIXES, 5., 2013, Botucatu. [Anais...] Botucatu: Unesp, 2013.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio Ambiente. |
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| 12. | | DORNELES, E. M. S.; MORCATTI, F. C.; GUIMARAES, A. S.; LOBATO, Z. I. P.; LAGE, A. P.; GONÇALVES, V. S. P.; GOUVEIA, A. M. G.; HEINEMANN, M. B. Prevalência de anticorpos contra o virus da lingua azul em ovinos do Distrito Federal. Semina, v. 33, n. 4, p. 1521-1524, 2012.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 14. | | FIGUEIREDO, A. O.; PELLEGRIN, A. O.; GONÇALVES, V. S. P.; FREITAS, E. B.; MONTEIRO, L. A. R. C.; OLIVEIRA, J. M.; OSÓRIO, A. L. A. R. Prevalência e fatores de risco para a leptospirose em bovinos de Mato Grosso do Sul. Pesquisa Veterinária Brasileira, v. 29, n.5, p. 375-381, maio, 2009.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pantanal. |
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| 15. | | GOMES, S. X.; MATRANGOLO, W. J. R.; MOURA, J. J. da S.; RODRIGUES, B. F.; GONÇALVES, V. A. D. Estudos preliminares de Cratylia argentea (Fabaceae) em sistema de aleias para produção de fitomassa. In: SIMPÓSIO DE PÓS-GRADUAÇÃO EM AGROECOLOGIA , 4., 2015, Viçosa, MG. Anais... Viçosa, MG: Universidade Federal de Viçosa, 2015. p. 21-24.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 16. | | GONÇALVES, V. B.; AQUINO, A. M. de; GUERRA, J. G. M.; RIBEIRO, R. de L. D.; ESPINDOLA, J. A. A.; ALVES, B. J. R.; URQUIAGA, S.; ARAUJO, E. da S. Eficiência da transferência de N da palha de adubos verdes no processo de vermicompostagem e sua contribuição para mudas de hortaliças. In: SEMANA CIENTÍFICA JOHANNA DOBEREINER, 9., 19 a 23 de outubro de 2009. Seropédica: Embrapa Agrobiologia, 2009| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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| 17. | | GONÇALVES, V. B; AQUINO, A. M.; GUERRA, J. G. M.; RIBEIRO, R. L.; ESPÍNDOLA, J. A. A.; ALVES, B. J. R.; URQUIAGA, S.; ARAÚJO, E. S. Eficiência da transferência da N na palha de adubos verdes no proceso de vermicompostagem e sua contribuição para mudas de hortaliças. In: SEMANA CIENTÍFICA JOHANNA DOBEREINER, 9., 19 a 23 de outubro de 2009, Seropédica. Ciência no Brasil: desafios, avanços e aplicações. Seropédica: Embrapa Agrobiologia, 2009.| Tipo: Folder/Folheto/Cartilha |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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| 18. | | GONÇALVES, V. D.; NIETSCHE, S.; PEREIRA, M. C. T.; SILVA, S. de O. e; SANTOS, T. M. dos; OLIVEIRA, J. R.; FRANCO, L. R. L; RUGGIERO, C. Avaliação das cultivares de bananeira Prata-Anã, Thap Maeo e Caipira em diferentes sistemas de plantio no norte de Minas Gerais. Revista Brasileira de Fruticultura, Jaboticabal, v. 30, n. 2, p. 371-376, jun. 2008.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Nacional - A |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| 19. | | GONÇALVES, V. N.; CAMPOS, L. S.; MELO, I. S. de; PELLIZARI, V. H.; ROSA, C. A.; ROSA, L. H. Penicillium solitum: a mesophilic, psychrotolerant fungus present in marine sediments from Antarctica. Polar Biology, v. 36, n. 12, p. 1823-1831, 2013.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio Ambiente. |
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